El jueves 27 de agosto de 2015, luego de varias idas y vueltas, varios técnicos en sola una semana, se decide que el exjugador de la selección Julio César Baldivieso sea el nuevo entrenador de la Verde para lograr intentar clasificar para Rusia 2018 mediante las eliminatorias y su asistente será el también exjugador de la selección Luis Cristaldo. El 3 de agosto de 2016, el argentino Ángel Guillermo Hoyos es nombrado nuevo entrenador de la Verde. En el año 2016, en marzo, se reanudaron las eliminatorias con las fechas 5 y 6; en la quinta fecha Bolivia recibió en La Paz a Colombia donde también perdió por 2-3 con goles de James Rodríguez y Carlos Bacca; en el segundo tiempo Bolivia descontó por medio de Juan Carlos Arce de penal y Alejandro Chumacero de media distancia lograría el empate parcial, pero Edwin Cardona en el tiempo de adición marcaría el tercero para el equipo cafetero así dando la victoria a los colombianos y Bolivia volvió a caer por segunda vez de local; en la sexta fecha los bolivianos viajaron a Córdoba para enfrentarse a Argentina donde caerían por 2-0 con goles de Gabriel Mercado en el minuto 19 y 10 minutos después Lionel Messi marcaría el segundo.
Sin embargo, en las últimas cuatro fechas, sufrió cuatro derrotas consecutivas ante Venezuela (4-1), Chile (2-3), Colombia (3-0) y Brasil (0-4), certificando su eliminación por séptima vez consecutiva, lo que provocó que César Farías dejara de ser el entrenador al final de esta eliminatoria. El primer partido disputado oficialmente por el país dentro de estos torneos se produjo el 22 de septiembre de 1957 en el Estadio Nacional de Santiago de Chile frente al representativo de ese país. Eso hizo que Bolivia y Chile jugaran dos encuentros amistosos, el primero de ellos en La Paz en febrero de 1950. Fue la primera vez que la selección boliviana jugaba frente a otra selección nacional en el país desde su debut, veinticuatro años antes, en 1926. Fue triunfo boliviano por 2 a 0 con goles de Mena y Ferrel. Ya para el mes de octubre, se disputaron los amistosos contra Chile y Venezuela, y en estos cotejos la selección mostró un nivel de juego bastante aceptable, ya que el primero lo empató 2-2 y el segundo lo ganó 3-2 rompiendo una mala racha de resultados de casi 2 años.
Chile en Boston donde quedaría eliminada tras perder por 2-1 con goles de Arturo Vidal por duplicado y descontaría Jhasmani Campos por medio de un tiro libre, en su último partido de fase de grupos enfrentó a Argentina en Seattle donde Bolivia se despidió con derrota por 3-0 con goles de Erik Lamela, Ezequiel Lavezzi y Víctor Cuesta. El 22 de junio se vio las caras con Venezuela en Belo Horizonte donde se despidió de la Copa América con una nueva derrota por 1-3 con goles de Darwin Machis por doblete en los minutos 1 y 58, donde finalizó con otro gol de Josef Martínez en el minuto 86 para la Vinotinto, mientras que Leonel Justiniano descontó al 82 cerrando nuevamente una pésima presentación de Bolivia en torneo internacionales sin conseguir ningún punto quedando en el último puesto del grupo y en la tabla general. En el marco de la Copa América 2019, celebrada en Brasil, la selección boliviana quedó ubicada en el grupo A con el anfitrión Brasil y con Perú y Venezuela donde inició el 14 de junio en São Paulo su participación ante la Canarinha donde los del Altiplano aguantaron el primer tiempo ante los sendos ataques de Brasil por marcar el primer gol.
Finalmente, en un vibrante partido en Suwon, Costa Rica cayó 2-5 contra Brasil, con anotaciones de Paulo Wanchope y Rónald Gómez. Pese a jugar todo el partido con 10 jugadores, los italianos plantaron batalla y dureza. El ganador de un partido obtiene tres puntos, el perdedor no suma ninguno y, en caso de un empate, atletico de madrid nueva camiseta se reparte un punto para cada equipo. Para principios del mes de enero del año 2019, sorpresivamente, la FBF confirmó la contratación del técnico Eduardo Villegas de cara a la Copa América 2019, ya que según informes de los directivos de la FBF no les convencía Farias como seleccionador nacional debido a ciertas situaciones extradeportivas, por lo que se optó por Villegas por ser el técnico más ganador de la primera división del fútbol boliviano. Era la primera participación internacional después del título continental. Argentina no se abstuvo y presentó lo mejor que tenía, que no era poco. La Paz dejó de ser la mítica ciudad imbatible en la que la selección no perdía desde 1950. Bolivia ocupó el último lugar del grupo con solo dos puntos. En el duelo, contra la selección iraní, el partido fue abandonado al minuto 61 luego de que los jugadores de Corea del Norte abandonaran el campo por la pirotecnia lanzada desde la gradería; a pesar de la insistencia del árbitro para que regresaran al partido, Corea del Norte se rehusó.
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